株式譲渡所得とは、個人が所有する株式を第三者に譲渡（売却）することによって得られた所得のことをいいます。
株式譲渡によるM&Aでは、株主が買い手側に株式を売却し、売却代金は株主が受け取りますが、その際に利益が出た場合、その分は課税の対象となります。
個人の所得には、利子所得、配当所得、不動産所得、事業所得、給与所得、退職所得、山林所得、譲渡所得、一時所得、雑所得の10種類がありますが、株式の売却から得る利益は「譲渡所得」に 分類されます。
譲渡所得は、利子所得・退職所得・山林所得と同じように、他の所得とは分離して所得・税額を計算する分離課税となっています。
譲渡側の株主が個人（オーナー経営者など）の場合は、株式譲渡所得に対して所得税、復興特別所得税、個人住民税の税金がかかります。
基本的に、所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％の合計20.315％という所得税率が適用されます。
株式譲渡所得は、「売却代金 −（株式取得費＋譲渡費用）」で計算されます。
課税関係は、基本的には譲渡所得に対する20.315％だけであり、他のM&Aの手法に比べると売却後の手残りの面で有利であることが多いです。
株式譲渡後には譲渡所得に対して所得税が課されるため、譲渡した翌年に確定申告と納税を行う必要があります。
翌年の3月15日までに所得税の確定申告を行い、まず15.315％の所得税を納め、残りの住民税5％は、6月頃に送られてくる納付書が到着後に納税します。
ちなみに、個人株主と法人株主がM&Aで株式譲渡をした場合の主な違いとしては、税率、他の所得との通算、繰越欠損金といった点が挙げられます。